Герб города утверждён Указом Императрицы Екатерины II 22 декабря 1780 года и представляет собой «Три золотых колчана, наполненные стрелами, в красном поле, в знак того, что сих мест жители сие орудие с похвалою употреблять умели». Восстановлен в качестве официального символа города решением Собрания депутатов города Алатыря от 29 мая 2009 года.
Изначально в верхней части герба 1780 года находилась колонна с короной — герб Симбирской губернии. Также существовали советская версия герба (1979 года) и различные модификации дореволюционного, активно использовавшиеся в 1990-х — 2000-х годах.
Флаг города — «прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба города Алатыря в красном и жёлтом цветах».
