"И учал государь мыслити з братом своим со князем Владимиром Андреевичем и з бояры и с всеми воеводами, как итти х Казани и на которые места; и приговорил итти государь надвое, вмещениа для людем, а самому государю итти на Володимерь и на Муром, а воевод отпустити на Резань и на Мещеру, а сходитца на Поле за Алатарем."

Данный текст — один из фрагментов описания последнего (третьего) похода Ивана IV на Казань, закончившегося покорением Казанского ханства.

Безусловным и неоспоримым является тот факт, что поселение на месте современного города существовало задолго до его упоминания в русских летописях. Это подтверждается и найденными остатками древнего городища (предположительно принадлежавшего одному из мордовских племён), и археологическими находками (в том числе X—XII веков), и сохранившимся в топонимике Алатыря названием эрзянского поселения Сандулеи (эрз. — Сянглей, «Развилка реки»).

Так или иначе, не позднее 1552 года (по версии В. Э. Красовского — 4 августа 1552 года) царь Иоанн Васильевич подошёл со своим войском к высокому берегу Суры в месте впадения в неё реки Алатырь и «…приказал тут же при себе… построить город рубленый и укрепить его по всем правилам тогдашнего крепостного искусства, назвав его по имени реки — Алатырем».

Именно с этого времени началась история города Алатыря как русского военного, культурного и религиозного форпоста на восточных границах Московского государства.

Проведённое в 1920-х годах административно-территориальное межевание привело к ликвидации таких периферийных территорий. Части алатырского уезда, с которыми город до сих пор имеет тесные связи, были переданы Нижнему Новгороду, Саранску и Ульяновску, сам же Алатырь — русский город на мордовских землях (многие русские тут — ассимилированная мордва) — после некоторых колебаний, совершенно не учитывая мнение населения и несмотря на протесты Алатырского уисполкома и Ульяновского губисполкома, 7 сентября 1925 года был передан в состав Чувашии, где и находится до сих пор.